Копетдагский заповедник первоначально был создан ещё в 1950 году, но просуществовал всего несколько месяцев. Его закрытие стало огромной ошибкой, дорого стоящей уникальной природе Центрального Копетдага. И слово «уникальная» — это не просто красивое словечко.
В горах расположенных южнее Ашхабада, протянувшихся от Душака до Бахардена произрастает более 1400 видов растений – и это в пустынной зоне! Самое удивительное, что около 300 из них эндемики, то есть более негде не произрастающие. Эндемизм в целом свойственен Копетдагу не только в растительном, но и в животном мире. В прошлом веке в наших горах ещё можно было встретить таких ныне экзотических (а порой полностью исчезнувших видов), как закавказский бурый медведь, самого крупного на планете тигра – туранского, льва, благородного оленя, гепарда. Значительно многочисленнее были леопарды, рыси, полосатые гиены, различные копытные – горные бараны архар и уриал, а также безоаровый козел и ряд других видов.
Ликвидация заповедника привела к тому, что в течение последующих десятилетий продолжалось бесконтрольное браконьерство, массовый выпас скота, и сбор плодов. Результатом всего этого стало, то, что к моменту повторной организации Копетдагского заповедника биоразнообразие региона сильно уменьшилось, были запущены необратимые процессы в природе данного района. Среди наиболее опасных – опустынивание, коррозия почв, усиление селеопастности, рубка древесно-кустарниковой растительности.
Безусловно, повторное создание заповедника ликвидировало, либо уменьшило негативные последствия деятельности человека, однако многое спасти не удалось.
В настоящее время территория Копетдага не входящая в заповедную зону, в погранзону (за линией ПЗС), и в категорию труднодоступных территорий подверглась массовому воздействию человека. Один из главных результатов этой деятельности – опустынивание и коррозия почв. Именно выпас скота наносит наиболее серьезный ущерб окружающей среде. Особенно заметно это на примере. В долине реки Чандыр перед пограничной системой, где регулярно производиться выпас скота растительность крайне скудная, местами её практически нет. За системой, уже закрытой для гражданского населения, всего в нескольких метрах – трава высотой до одного метра! Эта наглядно показывает, как сильно влияет выпас скота на ландшафт местности. Высокотравные степи превращаются в полупустыни, что усиливает коррозию почв и повторяемость разрушительных селей. Подобные примеры можно наблюдать не только в Чандыре, но и в других уголках Копетдага – на Секизябе, горах Еревуш и других.
И по сей день браконьерство наносит серьезный ущерб дикой природе. Так к примеру, не смотря на то, что кеклик (горная куропатка) занесён в Красную книгу и охота на него категорически запрещена, он постоянно отстреливается, как местными жителями, так и любителями охоты из столицы. Подобные случаи отмечались повсеместно – Кара-кала, верховьях Сумбарской долины, Гермабе. Под пули браконьеров попадают и другие животные-краснокнижники. Местными жителями осуществляется массовый сбор плодов и орехов дикорастущих деревьев, что в конечном итоге не даёт им возможности размножаться и приводит к старению видов и уменьшению численности. В первую очередь это косается грецкого ореха (наблюдается просто варварский сбор), миндаля, фисташки. Массовый сбор дикорастущего миндаля стал причиной практически полного исчезновения подвида со сладкими плодами.
До не давнего времени тысячи жителей верховий Сумбара, долины Чандыра использовали в качестве топлива – древестный уголь, что приводило к массовым вырубкам кустарниковой растительности. Во второй половине 2000-х годов в отдаленные горные аулы был проведен газ. Объём вырубок существенно снизился, но все же продолжает место быть.
В настоящее время лишь незначительная часть Копетдага сохранилась в той или иной степени в девственном виде. В первую очередь это заповедная территория Копетдагского и Сюнт-Хасардагского заповедников (более 85 тысяч гектаров) и высокогорные водораздельные хребты. Остальная территория подверглась хозяйственному освоению человеком.
Безусловно, хозяйственная деятельность имеет прямую необходимость. Наблюдается рост населения, а, следовательно, и потребление продукции сельского хозяйства. Однако эксплуатацию природных ресурсов можно осуществлять более рационально с применением современных методов ведения сельского хозяйства – применения капельного орошения, грамотное использование земельных ресурсов, частичный переход на фермерское скотоводство и ряд других мер.
Немалую роль имеет работа по лесонасаждениям. Помимо искусственных лесов, создаваемых в прикопедагской зоне, ведется работа и по высадке дикорастущих видов – арчи, фисташки и других видов. В 2011-2014 годах площадь этих лесонасаждений составила 2 тысячи гектаров. В предгорной полосе создаются водохранилища по накоплению весенних паводковых вод и использованию этих запасов в сухой летний период. В частности уже поострены Арчабильское (2004 год) и Багирское (2010 год) водохранилища. Заканчиваются работы по строительству дамбы и водохранилища на реке Секизяб. Это позволяет рационально расходовать не богатые водные ресурсы Копетдага.
В тоже время объем этих работ не позволяет обратить эти негативные процессы в спять.
Несмотря на принятые меры, в первую очередь благодаря сотрудничеству с международными организациями (к примру WWF) численность редких животных все также вызывает опасения, из-за продолжающегося браконьерства и разрушения естественной среды обитания, даже в около заповедных зонах.