Ежегодно через Амударью на территорию Туркменистана в среднем поступает около 52 км3 воды. Из этого объема по международному договору о трансграничных ресурсах Туркменистан может использовать 22 км3.
Образуется слиянием рек Вахш и Пяндж, на которые приходиться 80% общего стока реки.
Длина Амударьи — 1415 километров (если считать от истока реки Вахджир – 2520 километров). Площадь водосбора – 227 тысяч квадратных километров (без учета водосбора рек Зерафшан и Кашкадарья).
В пределах Туркменистана Амударья не имеет притоков с постоянным стоком, ее воды не пополняются, и интенсивно расходуются на фильтрацию, забор на орошение и испарение. В прошлом в пределах страны в нее впадали Кугитангдарья, Кашкадарья и Зерафшан. В наше время из-за интенсивного расхода воды этих рек практически не попадают в Амударью, за исключением периодов очень сильных паводков.
Из-за интенсивного забора воды многочисленными ирригационными каналами и зарегулируемости стока, в среднем и нижнем течении сток реки значительно сократился и начиная с конца 80-ых годов Амударья в своей дельте начала пересыхать, не доходя до Аральского моря. Это привело к его высыханию. Сегодня площадь Арала меньше в 8 раз, а объем – в 10 раз, чем в 1960 году.
Расход вод Амударьи с 1911 по 2015 года в Керки максимальных значений достигал в 1969 году (2930 м3/с), минимальный в 2008 г. (669 м3/с).
Среднегодовой расход воды Амударьи в Керки в 1986-2015 г. г.
| Год | Среднегодовой Расход воды, м3/с | Год | Среднегодовой Расход воды, м3/с | Год | Среднегодовой Расход воды, м3/с |
| 1986 | 985 | 1996 | 1570 | 2006 | 1187 |
| 1987 | 1410 | 1997 | 1110 | 2007 | 1123 |
| 1988 | 1700 | 1998 | 2000 | 2008 | 669 |
| 1989 | 947 | 1999 | 1500 | 2009 | 1260 |
| 1990 | 1320 | 2000 | 983 | 2010 | 1790 |
| 1991 | 1450 | 2001 | 899 | 2011 | 905 |
| 1992 | 1990 | 2002 | 1535 | 2012 | 1750 |
| 1993 | 1720 | 2003 | 1586 | 2013 | 1190 |
| 1994 | 1840 | 2004 | 1388 | 2014 | 1230 |
| 1995 | 1340 | 2005 | 1770 | 2015 | 1550 |
В пределах Туркменистана большая часть вод Амударьи, которые может использовать Туркменистан забирает Каракумский канал. Канал начинается у села Босага, его протяженность около 1200 километров.
В период с 1981 по 2012 года максимальный среднегодовой расход воды головного сооружения достигал 440 м3/с (1991 г.), минимальный – 219 м3/с (2001 г.).
В низовьях расход воды сокращается, но за последние 30 лет имеет стабильную тенденцию к увеличению. На 969 километре за 1985-2015 г. г. максимальный расход достигал 40,3 м3/с (2013 г.), минимальный – 6,17 (1985 г.).
Воды Каракумского канала орошают около 1,8 млн. гектаров земель в трех из пяти областях страны – Марыйской, Ахалской и Балканской.
В 80-ых годах началось строительство четвертой очереди Каракумского канала, которая проходит через Мисрианский массив в сторону города Этрек. На сегодняшний день строительство очереди полностью не завершено.
Среднегодовой расход воды Каракумского канала (Головное сооружение) в 1983 – 2012 г. г.
| Год | Среднегодовой Расход воды, м3/с | Год | Среднегодовой Расход воды, м3/с | Год | Среднегодовой Расход воды, м3/с |
| 1983 | 360 | 1993 | 417 | 2003 | 343 |
| 1984 | 384 | 1994 | 355 | 2004 | 325 |
| 1985 | 383 | 1995 | 311 | 2005 | 344 |
| 1986 | 341 | 1996 | 305 | 2006 | 330 |
| 1987 | 352 | 1997 | 338 | 2007 | 305 |
| 1988 | 384 | 1998 | 375 | 2008 | 260 |
| 1989 | 372 | 1999 | 351 | 2009 | 304 |
| 1990 | 361 | 2000 | 290 | 2010 | 329 |
| 1991 | 440 | 2001 | 219 | 2011 | 282 |
| 1992 | 407 | 2002 | 310 | 2012 | 331 |
